小规模纳税人季度内既开了专票，也开具了普票，合计刚刚超过45万元，请问开具的普票部分是否免征增值税？

由于季度内销售额已经超过了45万元，因此开具的普票部分不得享受免征增值税的优惠。
注意！按季纳税的小规模纳税人以包括销售货物、劳务、服务、无形资产在内的应税行为合并计算销售额，判断是否达到45万元免税标准，其中包括开具增值税专用发票的销售额、开具增值税普通发票的销售额以及未开具发票的销售额。因此，你提问中所述情况不能享受免征增值税优惠政策。
参考一
国家税务总局公告2021年第5号《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税征管问题的公告》：
一、小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额未超过15万元（以1个季度为1个纳税期的，季度销售额未超过45万元，下同）的，免征增值税。
小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额超过15万元，但扣除本期发生的销售不动产的销售额后未超过15万元的，其销售货物、劳务、服务、无形资产取得的销售额免征增值税。
二、适用增值税差额征税政策的小规模纳税人，以差额后的销售额确定是否可以享受本公告规定的免征增值税政策。
《增值税纳税申报表（小规模纳税人适用）》中的“免税销售额”相关栏次，填写差额后的销售额。