防止会计电算化问题，应该从以下方面着手：
1、加强法制建设
目前，由于法规的不健全使电算化犯罪的控制很困难。对电算化会计信息系统的开发和管理，不能仅靠现有的一些法规，如会计法、企业会计准则等，因为会计电算化犯罪毕竟是高科技、新技术下的一种新型犯罪，为此制定专门的法规对此加以有效控制就很有必要。
电算化犯罪法制建设，可从两个方面入手：①建立针对利用电算化犯罪活动的法律，明确规定哪些行为属于电算化舞弊行为及其惩处方法；②建立电算化系统本身的保护法律，明确电算化系统中哪些东西或哪些方面受法律保护(硬件、软件、数据)及受何种保护。
2、完善内部控制系统
运用计算机处理会计信息和其他管理信息的单位，均应建立和健全电算化内部控制系统。一个完善的内部控制系统应该具有强有力的一般控制和应用控制措施、两者缺一不可。
一般控制
软件系统控制是对计算机系统软件的取得和开发的控制，以及对系统开发过程中或运行过程中形成的各种系统文件的安全所进行的控制。包括系统软件的购买、开发授权、批准、测试、实施以及文件编制和文件存取的控制。
组织与管理控制‚组织与管理控制是指通过部门的设置、人员的分工、岗位职责的制定、权限的划分等形式进行的控制，其基本目标是建立恰当的组织机构和职责分工制度，以达到相互牵制、相互制约、防止或减少错弊发生的目的。其中较重要的岗位有系统管理和审核岗位。
操作控制‚包括对操作人员控制和操作动机的控制。凡上机操作人员必须经过授权;禁止原系统开发人员接触或操作计算机，熟悉计算机的无关人员不允许任意进入机房;系统应有拒绝错误操作的功能;留下审计轨迹;制定并实施标准操作规程包括：软硬件操作规程，作业运行规程，用机时间记录规程等。
系统安全控制‚主要控制措施有：建立设备、设施安全措施，档案保管安全控制，联机接触控制等;使用侦测装置、辩真措施和系统监控等;规定建立备份或副本的数量和时间，以及由谁建立和由谁负责保管;当系统被破坏需要恢复时，应先经有关领导同意，决不允许轻率地进行系统恢复工作，以防利用系统恢复时修改系统。
应用控制
数据输入控制‚输入控制的主要内容有：由专门录入人员，录入人员除录入数据外，不允许将数据进行修改、复制、或其他操作;数据输入前必须经过有关负责人审核批准;对输入数据进行校对;对更正错误的控制。
处理控制‚是指对计算机系统进行的内部数据处理活动(数据验证、计算、比较、合并、排序、文件更新和维护、访问、纠错等等)进行控制。处理控制是通过计算机程序自动进行的。处理控制的措施有：输出审核处理;数据有效检验;通过重运算、逆运算法、溢出检查等进行处理有效性检测;错误纠正控制；余额核对；试算平衡等。
数据输出控制‚主要措施有：建立输出记录;建立输出文件及报告的签章制度;建立输出授权制度;建立数据传送的加密制度;严格减少资产的文件输出，如开支票、发票、提货单要经过有关人员授权，并经过有关人员审核签章。
强化审计工作
查错防弊一直是审计工作的一项重要职能。审计人员对付计算机舞弊可以在两个方面发挥作用：一是直接在审计中直接查出计算机舞弊案;二是在审核和评估内部控制系统的弱点，提请被审计单位改善内部控制制度，通过完善内部控制系统来预防、查出和处理计算机舞弊活动。由于现代审计是以内部控制系统为基础的，在评价内部控制基础上进行抽样审计，加之计算机审计水平的限制，计算机舞弊有可能从审计人员手中漏掉，因而预防作用远比直接作用更大。
