企业内部控制体系涉及生产经营的方方面面，强调对经营效率和效益目标实现所涉及的各类生产流程和管理流程对人、财、物等资源的有效利用，又涉及物流、资金流、信息流的匹配和协调，其复杂性远远超出了针对会计、审计控制的内部控制体系设计。对企业来说，内部控制体系自身的设计、建成、运行、评估、改善和维护都会产生成本。准确地提出并定义这些成本是定量计量该成本的前提，也是权衡内部控制实施过程中的成本、风险和收益的基础，为内部控制系统在企业中是否建立以及决策内部控制的广度和深度提供具体和切实可行的理论依据。
成本评估
通常来说，内部控制成本是指在建设、运行以及维护内部控制过程中所发生的各项费用和失去的资源。例如管理成本的增加、工作效率的降低、暂时的信息失真、信息沟通渠道不畅、员工抵触情绪的产生和生产质量问题等。
在定义内控成本时，我们应该明确的是，虽然良好的内部控制能给企业带来一系列利益，例如：生产率提高、原材料等资源的节约、信息沟通途径缩短、信息质量提高等，但随即内部控制系统的设计和改变、运行、维护会产生一系列资源的耗费，特别在内部控制系统设计、变更初期，由于设计缺陷、员工不适应和经验的缺乏，常常会产生工作效率的上下波动，出现生产质量问题和生产经营流程不顺畅等问题，并伴随多种资源的损失，这些损失和生产经营中的障碍都是内部控制成本的范畴。
通常来说，内部控制的收益是企业凝聚力的提高、管理效率的提高，使整个组织结构更加有效，从而提高经济效益，耗费则是资金、物质的损耗以及效率的暂时性损失。一个有效的内部控制系统必须有效，即系统的耗费能从收益中获得完全补偿。同时，系统必须可操作，并能达到预定目标。要达到第一条则必须对内部控制成本进行研究，并将其细分为可定义、可明确划分的部分。
此外，无论是从系统有效性角度还是系统可操作性角度，都需要内部控制系统具有可控性、稳定性和可观测性，内部控制成本的计量是前提。货币计量是会计基本假设之一。只有将内部控制成本用货币尺度进行计量，才能使内部控制有效性研究不再是纸上谈兵,同时保证各期数据的可比性。
内部控制作为企业的一项管理活动，涉及资金等物质流进与流出企业；同时也是一项会计活动，将内部控制活动的成本与收益在会计账簿中合理记录也需要有效计量内部控制成本。
内部控制是一个通过纳入管理过程的大量制度及活动实现的过程, 因此, 要确保内部控制制度被切实执行,就必须对内部控制过程施以恰当的监督和评估。包括内部审计、企业经理、财务人员在内的内部控制评估班子是企业内部控制体系的重要组成部分, 担负着企业内部控制体系构建、内部控制过程监督及内部控制结果评价的重任, 是监督内部控制其他环节的主要力量。
内部控制成本不能孤立地评估，更不是越少越好，该项内控是否施行是成本和风险与其带来的收益综合比较的结果，也是该项内部控制措施与内部控制其他措施的配合程度、配合效果评估的结果。例如，确定企业激励制度时，应综合考虑建立和运行激励制度的耗费和由此带来的员工积极性和效率提高的收益。
反之，基于对财务报告可靠性的过度关注，企业会设计一套复杂而又繁琐的内部控制程序，以便将错控制在最小的限度内；或将内部控制视为企业管理系统的一个附加部分；或者认为是由监管者强加的，从而造成控制与被控制的对立状态。繁琐的过度控制会使企业决策和行动速度缓慢、增加企业的管理成本、企业对市场的反应能力下降。控制与被控制的对立状态使组织员工只关心自己能控制行为的直接后果而不去考虑其给后续业务带来的连带效应，容易导致本位主义，形成各种关系之间不协调的竞争，严重破坏组织和谐，最终违背了企业内部控制的设立目标。因此企业在内部控制建设时，应注意内部控制的适度问题。
会计处理
内部控制成本的会计处理，通常包含如下几点内容：
一、设计成本的会计处理。
二、设计内部控制所发生的人工费用、调研费用、咨询费用及其他管理费用是企业改善管理的一次性支出，一般发生在企业设计内部控制系统的前期，属于企业当期发生的不能直接或间接计入某种产品成本的、直接计入损益的费用，应作为企业的期间费用中的管理费用，在“管理费用”科目核算，应借记“管理费用”，贷记相关资产，并在“管理费用”科目中按费用项目设置明细账，进行明细核算。期末“管理费用”科目余额结转“本年利润”科目后无余额。
二、实施成本的会计处理。
由于该部分耗费是企业正常生产活动中的常规耗费，并伴随生产率提高带来的收益，应计入相关产品成本，会计处理为：将确立控制环境而改变组织结构、分离职责、调整和培训员工等成本，评估风险所发生的费用，实施控制活动所发生的设施、人工和管理费用，搜集、加工、传递和储存信息所发生的费用，持续监督和个别评估内部控制所发生的费用在“制造费用”科目核算，应借记“制造费用”，贷记相关资产，并在“制造费用”科目中按费用项目设置明细账，进行明细核算，并在各产品线之间按照产品收入额比例进行分配。期末“制造费用”科目余额结转“生产成本”科目后无余额。
实施成本会计处理通常分为两个阶段：
（一）内部控制系统磨合期。由于磨合期各项费用发生额不稳定，为避免各期间成本波动过大，应在预计的磨合期间内按预计的实施成本进行均摊，预计值与实际值之间的差额可在最后一期调整，若差额较大，可在随后多期内摊销。
（二）内部控制系统稳定期。在内部控制系统建立并通过磨合期进入正常运转期后,应将每月内部控制实施成本计入相关明细科目,期末在制造费用科目归集并按照产品收入额在各生产线进行分配。
三、评价成本的会计处理。
评价成本是企业在对内部控制系统实施过程中和划分的实施阶段末由企业员工、管理人员和第三方专业评估师协调对企业内部控制体系的合理性和有效性进行评估并提出改进措施所产生的费用。应作为企业的期间费用的管理费用，在“管理费用”科目核算，应借记管理费用，贷记相关资产，并在“管理费用”科目中按费用项目设置明细账，进行明细核算。期末“管理费用”科目余额结转“本年利润”科目后无余额。
四、其他资源损失的会计处理。
该部分耗费包括控制手续增加、审批周期延长而导致的效率降低、员工因感到不被信任而产生的负面影响等，此类耗费发生不规律,且金额难以量化确定, 许多企业常常忽略这部分耗费，这将造成企业管理信息的不完整，对企业管理者的决策造成误导，这部分资源损失应在账外进行记录,为企业决策提供依据。
